-
PROTEİN KARAKTERİZASYONU
Jel Geçirgenlik Kromatografisi (GPC), polimerler ve biyomoleküller gibi büyük moleküllerin moleküler ağırlık dağılımlarını belirlemek için kullanılan bir kromatografi tekniğidir. GPC,
boyut dışlama kromatografisi (Size Exclusion Chromatography - SEC) olarak da bilinir.
GPC’nin Çalışma Prensibi
-
Boyut Temelli Ayırma: GPC'de kullanılan kolonlar, gözenekli bir yapıya sahip özel dolgu malzemesiyle doldurulmuştur. Moleküller, büyüklüklerine göre bu gözeneklere nüfuz eder: Büyük moleküller: Gözeneklere giremez ve daha hızlı elüye olur. Küçük moleküller: Gözeneklere girer, daha uzun süre kolon içinde kalır.
-
Ayırma Mekanizması: Moleküllerin kolon içindeki hareketi tamamen fiziksel boyutlarına dayalıdır; kimyasal özelliklere (polarite, yük vb.) bağlı değildir.
-
Dedektörler:
-
Kırılma İndisi Dedektörü (RI): Yaygın olarak kullanılır, numunenin çözeltideki konsantrasyonunu ölçer.
-
UV Dedektörü: UV soğurma özelliği olan bileşenleri analiz eder.
-
Işık Saçılma Dedektörü (Light Scattering): Moleküler ağırlık belirlemede kullanılır.
-
Viskozimetri Dedektörü: Polimerlerin intrinsic viskozitesini ölçer.
GPC ile Ölçülebilen Parametreler
Number Average Molecular Weight (Mn): Moleküllerin ortalama büyüklüğü.
Weight Average Molecular Weight (Mw): Daha büyük moleküllerin ağırlıkça etkisini dikkate alır.
Polidispersite İndeksi (PDI): Moleküler ağırlık dağılımının genişliğini gösterir.
Özellikleri: 
Hizmetler:
-
Polimer molekül ağırlığı ölçümü (DMF veya H2O)
-
Protein-polimer, ilaç-polimer vb. konjugatların SEC-MALS analizi
-
Sıcaklığa bağlı protein agregasyon ölçümü
-
Mutlak molekül ağırlığı ve nano-boyut ölçümü (dn/dc ölçümü ile)
-
WESTERN BLOT VE JEL GORUNTULEME
Western blot, proteinlerin tespiti, tanımlanması ve kantifikasyonu için kullanılan bir analitik tekniktir. Bu yöntem, belirli bir proteinin karmaşık bir numunede (örneğin hücre lizatı) varlığını ve miktarını belirlemek için oldukça yaygındır.
Western Blot Yönteminin Kullanım Alanları
-
Protein Ekspresyonunun Doğrulanması: Gen düzenleme (CRISPR, RNAi) sonrası protein seviyelerinin kontrolü.
-
Hastalıklarda Protein Tanımlaması: Biyobelirteçlerin (biomarker) doğrulanması.
-
Post-Translasyonel Modifikasyonlar: Fosforilasyon, glikozilasyon gibi değişimlerin tespiti.
-
İlaç ve Tedavi Çalışmaları: İlaçların hedef protein üzerindeki etkilerinin izlenmesi.
Bio-Rad ChemiDoc Görüntüleme Sistemi, moleküler biyoloji ve biyokimya alanlarında yaygın olarak kullanılan bir görüntüleme cihazıdır. Özellikle jel elektroforez sonuçlarını analiz etmek, protein ve nükleik asitleri görselleştirmek, kemilüminesans, floresans ve renkli görüntüleme uygulamalarında kullanilir.
ChemiDoc’un Kullanım Alanları
-
Western Blot Analizi: Proteinlerin hedef antikorlarla doğrulanması, Kemilüminesans sinyallerin hassas şekilde algılanması.
-
DNA ve RNA Jelleri: Agaroz jellerdeki nükleik asitlerin Etidyum Bromür veya SYBR Green gibi boyalarla görselleştirilmesi.
-
Floresans Proteinler: GFP veya diğer floresan proteinlerin tespiti.
-
Boyanmış Jeller: Coomassie Blue veya Silver Stain ile boyanmış protein jellerinin görüntülenmesi.
-
Densitometri Analizi: Protein veya nükleik asitlerin kantitatif analizi.
Cihazlar: Bio-rad Trans-Blot Turbo, ChemiDoc Imaging Systems, Bio-rad Dikey Elektoroforez Sistemi
Hizmetlerimiz:
-
Hücre hattı ve dokudan total protein ekstraksiyonu
-
Bradford yöntemi ile toplam protein miktar tayini
-
SDS-PAGE protein elektroforezi
-
Proteinlerin membrana transferi
-
Jel/membran görüntüleme
-
Intensity hesaplama ve sonuçların analizi
-
Flow sitometri (Akış sitometrisi)
Flow sitometri,
hücrelerin ve partiküllerin fiziksel ve kimyasal özelliklerini sıvı bir akış sistemi içinde analiz etmek için kullanılan bir tekniktir. Bu yöntem, tek hücre veya partikül bazında analiz yapar ve geniş bir uygulama yelpazesine sahiptir.
Flow Sitometri ile Ölçülebilen Özellikler
-
Hücre Boyutu ve İç Granüler Yapı: FSC ve SSC ile belirlenir.
-
Hücre Yüzey ve İç Proteinleri: Antikorlarla işaretlenmiş floresan boyalar sayesinde.
-
DNA ve RNA İçeriği: Hücre döngüsü analizi ve apoptoz çalışmaları için.
-
Sitokin ve Sekresyon Ürünleri: İntraselüler boyama yöntemleriyle.
-
Apoptoz ve Nekroz: Annexin V, Propidium Iodide (PI) gibi boyalarla.
Flow Sitometri'nin Kullanım Alanları
-
Bağışıklık Sistemi Çalışmaları: T ve B hücre alt gruplarının analizi, Lenfosit proliferasyonu testleri.
-
Kanser Araştırmaları: Tümör hücrelerinin fenotiplemesi, DNA ploidisi ve hücre döngüsü analizi.
-
Hücre Fonksiyonu Çalışmaları: Oksidatif stres, kalsiyum akışı gibi hücresel aktiviteler.
-
Hematoloji: Lösemi ve lenfoma teşhisi, Kök hücre sayımı.
-
Mikrobiyoloji: Bakteri ve mantar popülasyonlarının analizi.
-
Farmasötik Araştırmalar: İlaç tarama ve etkilerinin hücre üzerindeki sonuçlarının izlenmesi.
Özellikler:
|

|
İzotermal Titrasyon Mikrokalorimetresi (ITC)
ITC, moleküller arasındaki etkileşimlerin termodinamik parametrelerini ölçmek için kullanılan hassas bir cihazdır. Bu teknik, bağlanma olayları sırasında açığa çıkan veya soğurulan ısıyı ölçerek bağlanma kinetiği ve termodinamiği hakkında doğrudan bilgi sağlar.
ITC ile Ölçülebilen Parametreler
-
Bağlanma Entalpisi: Bağlanma sırasında açığa çıkan veya absorbe edilen ısı miktarı.
-
Bağlanma Stoikiyometrisi: Molekül başına bağlanan ligand sayısı.
-
Bağlanma Sabiti (Ka): Bağlanmanın gücünü gösteren denge sabiti.
-
Serbest Enerji Değişimi
-
Entropi Değişimi
ITC’nin Kullanım Alanları
-
Protein-Ligand Etkileşimleri: İlaç geliştirme süreçlerinde ligandların hedef proteinlerle bağlanmasını incelemek.
-
Enzim-Koenzim İnteraksiyonları: Enzim kinetiği ve kofaktör bağlanması.
-
Protein-Protein Etkileşimleri: Antikor-antijen bağlanması gibi biyomoleküler komplekslerin analizi.
-
DNA ve RNA Etkileşimleri: Nükleik asitlerle proteinlerin veya küçük moleküllerin bağlanması.
-
Lipit-Membran Etkileşimleri: Lipitlerin membran proteinleriyle bağlanması veya membran stabilitesi çalışmaları.
Ölçüm Tipi: Affinite (KD)
Entalpi ∆H
Entropi ∆S
Stokiyometri (n)
Numune Hacmi: 280 µL
Hücre Hacmi: 200 µL
Enjektör Şırınga Hacmi: 40 µL
Enjektör Hacim Hassasiyeti: < 1% @ 2 µL
Numune İş / zaman Oranı: 8 – 12 / 8 h
Hücre Materyali: Hastelloy
Hücre: Coin-shape
Gürültü: 0.15 ncal/s
Sıcaklık Aralığı: 2°C’den 80°C’ye
Sıcaklık Kararlılığı: ± 0.00012°C
Cevap Verme Süresi: 8 s
Çoklu Geri bildirim Modu: Var (Pasif, yüksek kazanç, düşük kazanç)
İşletim Çevresi
Sıcaklık (İşletim): 10°C’den 28°C’ye
Nem: 0%’dan 70%’e RH, non condensing
Güç: 100 – 200 V, 50/60 Hz, 130 W
Ağırlık: 13.6 kg
Ölçüler (W, D, H):43 x 38 x 46 cm (Kalorimetri + yıkama istasyonu)
Liyofilizatör, maddeleri dondurarak kurutma işlemi için kullanılan bir laboratuvar ve endüstriyel cihazdır. Bu cihaz, genellikle hassas yapıya sahip biyolojik materyallerin, ilaçların, gıda ürünlerinin veya diğer numunelerin uzun süre bozulmadan saklanabilmesi için kullanılır. Bu işlem, dondurarak kurutma olarak adlandırılır ve suyun doğrudan katı halden gaz haline geçtiği süblimasyon prensibine dayanır.
Liyofilizatörün Kullanım Alanları
-
İlaç ve Biyoteknoloji Endüstrisi: Aşılar, enzimler, antibiyotikler, proteinler ve biyolojik ürünlerin stabilitesini artırmak ve raf ömrünü uzatmak için kullanılır. Özellikle biyofarmasötik ürünlerde, biyolojik aktivitenin korunması için liyofilizasyon tercih edilir.
-
Gıda Endüstrisi: Gıdaların besin değerini, tadını ve dokusunu koruyarak kurutma işlemi yapılır. Örneğin, kahve, meyve ve hazır çorbalar bu yöntemle kurutulur.
-
Araştırma Laboratuvarları: Hücre kültürü ortamları, serumlar, plazma ve diğer biyolojik materyallerin kurutulmasında kullanılır. Hassas numunelerin analizden önce uzun süre saklanması için idealdir.
-
Adli Bilimler: Kan, doku veya diğer biyolojik örneklerin muhafazası için kullanılabilir.
-
Kozmetik Ürünler: Hassas kozmetik bileşenlerin, özellikle aktif maddelerin stabilitesini korumak için liyofilizasyon yapılır.
-
Nanoteknoloji ve Malzeme Bilimi: Nanopartiküllerin ve ince filmlerin susuz ve stabil bir ortamda muhafazası için kullanılır.
Cihaz: Labogene ScanVac CoolSafe