Dr. Rafiqi, böceklerin gelişimi ve evrimi üzerine kapsamlı bir araştırma geçmişine sahiptir. Akademik çalışmalarına sinekler (Diptera: Phoridae ve Syrphidae) üzerinde çalışarak başlamış ve burada ekstraembriyonik zarların evrimindeki temel aşamaları incelemiştir. Daha sonra karıncalara (Hymenoptera: Formicidae) yönelmiş ve endosimbiyozun evrimini araştırmıştır. Günümüzde çalışmalarını hem karıncalar hem de yaprak pireleri (Hemiptera: Cicadellidae) üzerinde sürdürmektedir. Genel araştırma ilgisi, gelişimsel süreçlerin genetik ve çevresel girdilerinin doğal seçilimin temel hedefi olan fenotipe nasıl entegre edildiğini anlamaya odaklanmaktadır.Laboratuvardaki temel yaklaşım, endosimbiyozun yalnızca iki ayrı organizma arasındaki bir ilişki olarak değil; endosimbiyontun, konak gelişimsel gen düzenleyici ağına entegre olarak tek bir organizma gibi işlev gördüğü bir olgu olarak değerlendirilmesi gerektiğidir. Dr. Rafiqi, böcekleri araştırma modeli olarak kullanmaktadır; çünkü böcekler, türce zengin bir ökaryotik organizma grubuolup dikkate değer düzeyde morfolojik, fizyolojik ve davranışsal çeşitlilik sergilemektedir.
Dr. Rafiqi, son birkaç on yılda evrimsel gelişim biyolojisi (evo-devo) alanında gerçekleşen hızlı ilerlemeleri temel almakta ve böceklerdeki bu çeşitliliğin gelişimsel-genetik temellerinin ayrıntılı biçimde incelendiği çalışmaları genişletmektedir. 19. yüzyıl ortalarından 20. yüzyıl ortalarına kadar yürütülen klasik böcek embriyolojisi çalışmalarından ilham alarak; genetik uyumlanma (genetic accommodation), genetik özümseme (genetic assimilation), gelişimsel plastisite ve gelişimsel endosimbiyoz kavramlarının evrim araştırmalarına nasıl entegre edilebileceğini anlamayı amaçlamaktadır.
Araştırma Alanı
Ekolojik Evrimsel Gelişimsel Biyoloji (eco-evo-devo)
Uzmanlık Alanları
Evrimsel Biyoloji, Gelişim Biyolojisi, Ekoloji, Moleküler Biyoloji, Biyoteknoloji.
Bilimsel Etki
Bilimin geleceğinin; farklı geçmişlerden gelen yeteneklerin desteklendiği ve bilimsel araştırmanın engeller yerine merak tarafından yönlendirildiği kapsayıcı ve işbirlikçi topluluklarda şekilleneceğine güçlü biçimde inanmaktayım. Irk, cinsiyet veya sosyoekonomik arka plan fark etmeksizin herkese eşit fırsatlar sunarak, günümüz dünyasının en karmaşık ve acil sorunlarını çözmek üzere farklı düşünsel birikimlere sahip bireyleri bir araya getirebiliriz. Vizyonum, hem bilimsel üretimin niteliğindeki hem de bu bilimi üreten bilim insanları arasındaki küresel eşitsizliklerin azaltılmasına katkıda bulunmaktır. Bunun gerçekleşebilmesi ise ancak geleneksel akademik yapılar içerisinde tarihsel olarak dışlanmış veya göz ardı edilmiş bireylerin aktif biçimde güçlendirilmesiyle mümkündür.
BILSAB'da, yalnızca akademik bilgi üretimine değil, aynı zamanda küresel problemlerin çözümüne ve dünyada olumlu değişimlerin yaratılmasına katkı sağlayan daha kapsayıcı ve etkili bir bilimsel geleceğin inşasına yönelik kolektif çabanın bir parçası olmaktan büyük heyecan duyuyorum.
Devam Eden Çalışmalar
Laboratuvar, evrim ve gelişim biyolojisinin temel sorularını iki model organizma olan Camponotus floridanus ve Anaceratagallia ribauti üzerinden incelemektedir. Güncel projeler; temel gelişimsel genetik yolakların ve gen düzenleyici ağların çözümlenmesine odaklanmakta, özellikle endosimbiyontların konak gen ekspresyonu, germ hattı belirlenmesi ve vücut planı örüntülenmesi üzerindeki etkilerini araştırmaktadır. Bakteriyositler gibi özelleşmiş hücre tiplerinin ve ilişkili yapıların evrimi de dâhil olmak üzere bu etkileşimlerin moleküler ve hücresel düzeyde incelenmesiyle, yakın konak–simbiyont ilişkilerinin gelişimsel süreçleri nasıl şekillendirdiğinin ortaya konulması amaçlanmaktadır.
Daha geniş ölçekte ise araştırmalar, başlıca evrimsel geçişlerin altında yatan mekanizmaları açıklığa kavuşturmayı ve endosimbiyotik kuramı modern sentez temelli evrimsel çerçeveye entegre etmeyi hedeflemektedir. Laboratuvar, konaklar ile simbiyontları arasındaki gelişimsel bütünleşmeyi inceleyerek; endosimbiyozun yenilik oluşumunu nasıl yönlendirdiğini, işbirlikçi özellikleri nasıl stabilize ettiğini ve nihayetinde karmaşık çok hücreli organizasyonun evrimine nasıl katkı sağladığını araştırmaktadır. Böcek embriyolarının görüntülenmesi, transgenez ve genetik manipülasyon için ileri düzey altyapı ve uzmanlık, bu araştırmaları desteklemekte ve hızlandırmaktadır.
Vizyon
Dr. Rafiqi, gelişmiş ülkelerin ötesinde ileri düzey bilimsel eğitimin erişilebilirliğini artırma vizyonuyla Chicago Üniversitesi ve McGill Üniversitesi'nde bulunmasının ardından Türkiye'ye gelmiştir. Bu bağlamda temel bilimlerin, bilimsel eğitimdeki eşitsizliklerin azaltılmasında ve genel olarak bilime, özelde ise biyolojiye yönelik yaklaşımların geliştirilmesinde kritik bir rol oynadığına inanmaktadır. Uygulamalı (translasyonel) bilim kısa vadede hızlı çıktılar sunarken, temel bilim keşfedilmemiş alanlarda ilerleyerek gerçekleştirildiği toplumlarda daha derin ve uzun vadeli etkiler yaratmaktadır. Temel bilim eğitimi aynı zamanda araştırmacıların alanlarında yaratıcı ve özgün sorular sormalarına olanak tanıyarak kavramsal anlayışlarını derinleştirmektedir.
“Uygulamalı bilim hızlı sonuçlar sunar; ancak temel bilim yeni ufuklar açar ve toplum üzerinde daha derin ve kalıcı etkiler yaratır." — Matteen
Yaklaşım
Bir araştırma lideri olarak, açık erişim ve kapsayıcı mentorluk ilkelerine dayalı bir çalışma ortamı geliştirmeyi amaçlıyorum. Pek çok akademik program biçimsel eğitim ön koşulları talep etse de geleneksel eğitim sistemleri nedeniyle yetenekli öğrencilerin çoğu zaman potansiyellerini ortaya koyma fırsatı bulamadığına inanıyorum. Laboratuvarımızda öğrencilerin bilimsel araştırmaları doğrudan deneyimleyerek öğrenmelerine olanak sağlayan uygulamalı bir yaklaşım benimsenmektedir. Mevcut ekibimizde yer alan birçok araştırmacı laboratuvarımıza gönüllü olarak başlamış; zaman içinde aldıkları mentorluk, kazandıkları deneyim ve kişisel gelişimleri sayesinde yetkin bilim insanlarına dönüştüler.
BILSAB, bu mentorluk vizyonunun hayata geçirilmesi için ideal bir ortam sağlamıştır. Enstitünün esnek yapısı ve geleneksel olmayan eğitim yollarını desteklemesi, her öğrencinin bireysel ihtiyaçlarına göre mentorluk yaklaşımını şekillendirilmesini mümkün kılmıştır. Böylece ilerlemenin katı kurallar veya hiyerarşiler yerine merak ve işbirliği tarafından yönlendirildiği bir bilim topluluğunun gelişmesi sağlanmıştır. YABBE'ın bireyselleştirilmiş öğrenmeye ve yenilikçi eğitim modellerine açıklık yaklaşımı, yalnızca teknik açıdan yetkin değil, aynı zamanda keşfetme tutkusu taşıyan yeni nesil araştırmacıların yetişmesi için mükemmel bir temel sunmuştur.
Ekip Hakkında
Laboratuvar bünyesinde hâlihazırda üç doktora öğrencisi, iki doktora sonrası araştırmacı ve bir laboratuvar teknisyeni görev yapmaktadır.
Mauricio E. Alarcón
Şili'nin Chiguayante kentinde doğmuştur. Araştırma kariyerinin ilk dönemlerinde pire–kemirgen ve kedi piresi ile gregarin etkileşimleri üzerinden parazitik simbiyozu incelemiştir. Günümüzde Dr. Alarcón'un araştırmaları, bakteriyel endosimbiyontlar ile böcekler arasındaki mutualistik ilişkiler üzerine yoğunlaşmaktadır. Araştırmaları; türlerin ekolojisini, embriyolojik gelişimi süreçlerini ve evrimsel geçmişlerini kapsamaktadır. Uzun vadeli hedefi, filogenetik olarak birbirinden uzak organizmaların zaman içerisinde nasıl tamamen birbirine entegre hâle gelerek tek bir işlevsel birim hâline geldiğini ortaya koymaktır. Hâlihazırda, Anaceratagallia ribauti adlı yaprak bir piresi türünde bakteriyositlere dönüşen hücrelerin gelişimsel süreçlerini izlemeyi amaçlayan TÜBİTAK 1001 projesini yürütmektedir.
Zelal Özgür Durmuş
“Camponotus Türlerinde Endosimbiyoz İle Eşey Kapsülü Oluşumu Ve Bu Oluşumun Modern Sentez Kapsamı Açısından Değerlendirilmesi" başlıklı doktora çalışmasını tamamlamış; biyoloji felsefesi alanındaki çalışmalarını zorunlu hücre içi simbiyotik ilişkiler üzerine yürütülen deneysel araştırmalarla birleştirmiştir. Canlıların evrimini incelerken organizmaları yalnızca genetik materyal ve mutasyon düzeyine indirgemekten kaçınan bir yaklaşım geliştirmeyi hedeflemiştir. Doğanın çok katmanlı organizasyon düzeyleri ve bunların karşılıklı etkileşimleriyle çok daha karmaşık ve etkileyici bir ağsı örüntü sunduğunu savunmaktadır.
Bir ekoloji-evrim-gelişim (EcoEvoDevo) laboratuvarında çalışmak, bu birleştirici perspektifi geliştirmesi açısından önemli bir fırsat sunmuştur. Organizma yetiştirme süreçleri, türler arası ilişkilerin ve organizma–çevre etkileşimlerinin dinamizmini doğrudan gözlemlemesine olanak tanırken; ileri moleküler genetik teknikler ve görüntüleme araçları kullanarak bilimsel sorulara yanıt aramak son derece zenginleştirici olmuştur. Kavramsal sınırları zorlamak ve mevcut paradigmaları sürekli sorgulamak, çalışmalarının temel motivasyonunu oluşturmaktadır. Bunun yanı sıra hikâye yazmayı, çocuklarla bilim iletişimi etkinlikleri gerçekleştirmeyi ve doğayı gözlemlemeyi sevmektedir.
“Kavramsal sınırları zorlamak ve mevcut paradigmaları sürekli sorgulamak, çalışmalarımın temel motivasyonudur." — Zelal
Nihan Sultan Milat
Rafiqi Lab büyesinde çalışmalarını sürdüren bir doktora adayıdır. Zorunlu endosimbiyoz ile ilgili olan karmaşık soru; yani konak organizmalar ile onların simbiyotik ortaklarının moleküler düzeyde nasıl birlikte evrimleştiği ve iletişim kurduğu; beni oldukça büyülemektedir. Bu süreçleri araştırmak için, olağanüstü biyolojik çeşitlilikleri ve dikkat çekici simbiyotik ilişkileriyle öne çıkan karıncalar üzerine çalışmalar gerçekleştiriyorum. Özellikle, BMP sinyal yolunun endosimbiyotik etkileşimleri nasıl şekillendirdiğini ve temel gelişimsel süreçlerine nasıl katkı sağladığını inceliyorum. Gen ekspresyonu ve sinyal yolu dinamiklerini analiz ederek, moleküler sinyalleşmenin konak ile endosimbiyontları arasındaki karmaşık iletişimi nasıl düzenlediğini ortaya çıkarmayı amaçlıyorum.
Bilimsel çalışmalarımın en sevdiğim yönlerinden biri ise aynı zamanda bir keşif yolculuğu gibi hissettirmesi; endosimbiyozun gizli güzelliğini mikroskopi aracılığıyla görüntülemek, bilim ile sanatı ile birleştirmek… Bunun her anından keyif alıyorum.
“Laboratuvar dışında yeni ülkeler keşfetmeyi ve farklı kültürleri deneyimlemeyi seviyorum. Bilim aynı zamanda beni dünyanın farklı yerlerine seyahat etme; konferanslara katılma, fikir paylaşımında bulunma ve farklı geçmişlerden gelen araştırmacılarla işbirliği yapma fırsatı sağladı. Bu deneyimler merakımı ve keşfetme tutkumu besliyor."
“Endosimbiyozun gizli güzelliğini mikroskopi aracılığıyla ortaya çıkarmak, bilim ile sanatı birleştirmek… Bunun her anından keyif alıyorum!" — Nihan
Birgül Çolak Al
Moleküler Biyoloji ve Genetik alanında lisans ve yüksek lisans eğitimini tamamlamış bir doktora adayıdır. Karıncaların evrimsel ile gelişimsel biyolojisine ilişkin temel soruları araştırmak amacıyla YABBE bünyesinde Ekolojik Evrimsel Gelişim Biyolojisi Laboratuvarı'nda doktora programında çalışmalarını yürütmektedir.
Araştırmaları, zorunlu endosimbiyont Blochmannia'yı barındıran model karınca türü Camponotus floridanus üzerine odaklanmaktadır. Çalışmalarında, bilateral hayvanlarda embriyonik gelişim sırasında segment kimliğini belirleyen ve yüksek derecede korunmuş transkripsiyon faktörleri olan bithorax kompleksindeki (BX-C) Hox genlerini incelemektedir. Karıncalarda bu genler, klasik homeotik işlevlerinin ötesine geçerek embryonun arka kısmının (posterior) gelişimini ve eşey hücre hattı oluşumunu etkileyen maternal ifade özellikleri kazanmıştır. Araştırmasının amacı, BX-C genlerinin düzenleyici mekanizmalarının karıncalarda nasıl evrimleştiğini ortaya koymaktır.
Sevim Nur Akyüz
Moleküler Biyoloji ve Genetik alanında altyapıya sahip bir doktora adayıdır. Hâlihazırda BILSAB'da Biyoteknoloji doktora programına devam etmektedir. Çalışmaları, marangoz karıncası Camponotus floridanus'un zorunlu endosimbiyontu olan Blochmannia'nın metabolizmasını araştırmaya odaklanmaktadır.
Araştırmaları, Blochmannia'nın genleri ve metabolik yolaklarını ileri moleküler teknikler kullanarak incelemektedir. Bu çalışmalar aracılığıyla, bu bakterinin konağını nasıl desteklediğini ve simbiyont ile karınca arasındaki karmaşık metabolik karşılıklı bağımlılığı nasıl sürdürdüğünü ortaya çıkarmayı amaçlamaktadır.
Elif Kurt
Elif Kurt, BILSAB'da altı yıl boyunca omurgalı hayvan laboratuvarlarında çalışmış deneyimli bir teknisyendir. Ayrıca, Rafiqi Laboratuvarı'nda omurgasız hayvan yetiştiriciliği konusunda uzmanlaşmıştır.
Günlük görevleri arasında hayvan bakımı, refah takibi ve ayrıntılı kayıt tutma yer alırken, araştırmalara uygulamalı destek sağlamak da uzmanlık alanlarından biridir. Elif, araştırma ihtiyaçlarını karşılamak için karınca, un kurdu ve hamamböceği kolonilerini geliştirmiş ve yönetmiştir. Bu süreçte, biyogüvenlik kurallarına ve laboratuvar standart prosedürlerine sıkı bir şekilde uymuştur.
Elif, hayvan refahına gösterdiği özen, güvenilir koloni yönetimi ve araştırmacılarla olan etkili iletişimi ile tanınır.
“Bilimin ışığını takip edenler karanlıkta kalmaz." — Elif
Ahmet Burak Doğanoğlu
Biyoinformatik alanındaki altyapısını temel alarak, hâlen BILSAB Biyoteknoloji programında doktora çalışmalarını sürdürmektedir. Lisans eğitimi sırasında Rafiqi Laboratuvarı'nda yaptığı staj (2019–2020), mevcut araştırma ilgi alanlarının ve kariyer yöneliminin şekillenmesinde belirleyici bir rol oynamıştır.
Araştırmaları, Blochmannia'nın gelişim sürecinde konak genomunu hangi düzenleyici yolaklar aracılığıyla etkilediğini ortaya koymaya odaklanmaktadır. Konak–simbiyont etkileşimlerinin altında yatan transkripsiyonel mimariyi ve kromatin düzenleyici mekanizmaları incelemek amacıyla kapsamlı biyoinformatik yaklaşımlar uygulamaktadır.
“Rafiqi Laboratuvarı'nda stajyer olarak geçirdiğim dönem (2019–2020), bugünkü araştırma ilgi alanlarımın ve kariyer yolculuğumun şekillenmesinde belirleyici bir rol oynadı." — Ahmet
Formun Üstü
Laboratuvar Mezunları
Önceki Araştırmacılar
Fatma Zehra Çağıl (Syracuse University, ABD – Öğretim Üyesi)
Rafiqi Laboratuvarı, hem akademik hem de profesyonel açıdan beni derinden şekillendiren olağanüstü bir ortam oldu. Laboratuvarın güçlü işbirlikçi atmosferi, doktora tez sürecim boyunca karmaşık problemlere yenilikçi çözümler geliştirmemi teşvik etti. Dr. Rafiqi, temel araştırma becerilerimi geliştirmemde ve uygulamalı deneyim kazanmamda bana rehberlik eden mükemmel bir mentordu. Ayrıca laboratuvar arkadaşlarımla kurduğum değerli dostlukları da hâlâ büyük bir memnuniyetle hatırlıyorum. Orada çalışma fırsatı bulduğum için kendimi son derece şanslı hissediyorum.
“Laboratuvarın güçlü işbirlikçi atmosferi, karmaşık problemlere yenilikçi çözümler geliştirmemi teşvik etti." — Fatma
Yeşim Erol (İstanbul Teknik Üniversitesi, Doktora Öğrencisi)
Yaklaşık bir buçuk yıl boyunca Rafiqi Laboratuvarı'nda proje bursiyeri ve doktora öğrencisi olarak görev yaptım. Bu süreçte, ekolojik-evrimsel-gelişim biyolojisini (eco-evo-devo) moleküler düzeyde incelemek için ıslak laboratuvar araştırmaları ve model organizma bakımı konusunda uygulamalı deneyim kazandım. Laboratuvar ortamında güçlü mentorluk ve ekip çalışmasıyla desteklenen sağlam bir araştırma ortamı buldum ve bu sayede evrimsel biyolojiye dair hem teorik hem de moleküler düzeyde derin bir anlayış geliştirdim. Bu deneyimin ardından, şu anda İstanbul Teknik Üniversitesi Bilim ve Teknoloji Tarihi bölümünde tıp tarihi ve çevre tarihi alanlarında ağırlıklı olarak teorik bir doktora çalışmasına devam ediyorum.
“Güçlü mentorluk ve ekip çalışmasıyla desteklenen sağlam ve kapsayıcı bir laboratuvar ortamı buldum; bu sayede evrimsel biyolojiye dair kapsamlı bir teorik ve moleküler anlayış geliştirdim." — Yeşim
Hilal Şentürk (Biruni Üniversitesi, Öğretim Üyesi)
Rafiqi Laboratuvarı'nda bulunduğum süre boyunca, Dr. Rafiqi'nin mentorlüğü ve değerli postdoc araştırmacımız Priscilla G. Polo'nun rehberliği sayesinde moleküler biyoloji laboratuvarının işleyişine dair güçlü bir temel edinme ayrıcalığına sahip oldum. Üzerinde çalıştığımız projeler ve laboratuvarda geliştirilen bilimsel vizyon, bana yeni bir alanda farklı araştırma yönlerini keşfetme cesareti kazandırdı. Özellikle moleküler gelişim biyolojisi, yaşamın embriyodan başlayan kökenlerini gözlemlemenin ne kadar etkileyici ve özgün olduğunu bana gösterdi; bu alanın karmaşıklığı ve estetiği gerçekten dikkat çekicidir.
Priscila Gomez-Polo, PhD (İspanya)
“Rafiqi Laboratuvarı'nda geliştirilen bilimsel vizyon, bana farklı bir alanda yeni yönelimler keşfetme konusunda cesaret kazandırdı." — Hilal
Koray Kasan (Chicago Üniversitesi, Doktora Adayı)
Ümit Yaşar Kına (Humboldt Üniversitesi, Berlin – Postdoc)
Esra Taylan (Dora Anadolu Sağlık Meslek Lisesi, Öğretmen)
Cansu Çetin, PhD (Kadir Has Üniversitesi)
Popüler Medyada Yer Alma
Bilimsel Katılım
Laboratuvar üyeleri, yürütülen araştırmaları sunmak, fikir alışverişinde bulunmak ve yeni işbirlikleri geliştirmek amacıyla düzenli olarak ulusal ve uluslararası bilimsel toplantılara katılmaktadır. Çalışmalarımız Avrupa Evrimsel Gelişim Biyolojisi Toplantısı (EED) ve Society for Developmental Biology (SDB) gibi önemli uluslararası konferansların yanı sıra Ekoloji ve Evrimsel Biyoloji Sempozyumu (EEBST) gibi ulusal toplantılarda sunulmaktadır. Bu etkinlikler, gelişim ve evrim biyolojisindeki güncel ilerlemelerin tartışılması ve bilimsel topluluktan geri bildirim alınması için önemli bir platform oluşturmaktadır.
Laboratuvarımız, araştırmalarını ulusal ve uluslararası konferanslarda aktif biçimde paylaşmakta; fikir alışverişi yapmakta ve evrimsel biyoloji topluluğu ile etkileşim kurmaktadır. Bu toplantılara ekip olarak katılım sağlanmakta, böylece ortak tartışma, işbirliği ve mesleki gelişim olanakları oluşturulmaktadır.
2022–2025 yılları arasında laboratuvar üyeleri; Napoli (2022) ve Helsinki (2024) Euro Evo Devo konferansları, İspanya'da EMBO “The Evolution of Animal Genomes" toplantısı (2023), Türkiye'de Ekoloji ve Evrimsel Biyoloji Sempozyumu (2023-İstanbul, 2024-Çanakkale, 2025-Ankara) ve Ekim 2022'de Portekiz Algarve'de “International Society of Developmental Biologists" tarafından düzenlenen 19. Uluslararası Gelişim Biyolojisi Kongresi gibi çeşitli önemli bilimsel toplantılara katılmıştır.
Saha Çalışmaları
Ekip, laboratuvarda model sistem olarak kullanılan yerel böcek türlerini belirlemek ve toplamak amacıyla düzenli saha çalışmaları yürütmektedir. Bu faaliyetler kapsamında habitatlar incelenmekte, hedef türler tespit edilmekte ve devam eden gelişimsel ve evrimsel araştırmaları destekleyecek örnekler toplanmaktadır. Sahadan elde edilen materyal daha sonra laboratuvar analizlerine entegre edilerek karşılaştırmalı yaklaşımların geliştirilmesine ve çalışılan model organizma çeşitliliğinin artırılmasına katkı sağlamaktadır.
Uluslararası işbirliği, araştırma ve eğitim faaliyetlerimizin temel bileşenlerinden biridir. Öğrenci değişim programları, ziyaretçi araştırmacılar ve ortak bilimsel toplantılar aracılığıyla uluslararası araştırma topluluğu ile aktif etkileşim kurulmakta ve uzun vadeli işbirliği ağları geliştirilmektedir.
Öğrencilerimiz Erasmus değişim programlarına katılarak uluslararası laboratuvarlarda uygulamalı araştırma deneyimi kazanmaktadır. Bu değişimler bilimsel eğitimi güçlendirmekte, araştırma perspektifini genişletmekte ve kurumlar arası akademik bağları kuvvetlendirmektedir.
Uluslararası meslektaşlarla seminerler ve ortak toplantılar düzenlenmekte; uzmanlık paylaşımı ve yürütülen projelerin tartışılması sağlanmaktadır. Bu etkileşimler, işbirliğine dayalı düşünce yapısını teşvik etmekte ve sıklıkla uzun vadeli uluslararası araştırma ortaklıklarına dönüşmektedir.
Devam Eden Projeler
- Camponotus karıncalarında BMP ve Hox gen düzenleyici ağ etkileşimlerinin incelenmesi (TÜBİTAK 1001)
- Yaprak piresi modelinde bakteriyosit hücrelerinin ortaya çıkış mekanizmalarının anlaşılması (TÜBİTAK 1001)
- Karınca gelişiminde çoklu gen düzenleyici ağ etkileşimlerinin incelenmesi (BVU BAP)
- Karıncalarda Hox gen bölgesinin CRISPR/Cas9 sistemi ile gen düzenlenmesi (BVU BAP)
- Anaceratagallia ribauti türünde antibiyotiklerin gelişim üzerindeki etkilerinin transkriptom analizi ile incelenmesi (BVU BAP)
Tamamlanmış Projeler
- Böceklerde zorunlu endosimbiyozun gelişimsel genetiği ve evrimsel etkileri (TÜBİTAK 2247-A/120C157)
- Vektör kaynaklı hastalıklara karşı biyoteknolojik ve paratransgenetik yöntemlerle mikroorganizma geliştirilmesi (TÜBİTAK 1001/218S724)
- Böceklerde zorunlu endosimbiyoz çalışmaları için böcek kolonilerinin kurulması (BVU-BAP 6.2018/20)
- Türkiye'de yaşayan bireylerin bağırsak mikrobiyotasının belirlenmesi (pilot çalışma) (BVU-BAP 11.2018/16)
- Endosimbiyontların orta bağırsak epiteli ile gonad arasında ayrışma mekanizması (BVU-BAP-20200822)
- Karıncalarda gelişimsel genlerde alternatif transkript izoformlarının olası rolü (TÜBİTAK 2209-A)
- Böceklerde erken gelişim üzerine antibiyotik etkisinin deneysel incelenmesi (BVU-BAP 9.2019/5)
- Bombus terrestris'te fungal endosimbiyontların karakterizasyonu ve patojenlerle ilişkisi (BVU-BAP 0200610)
- Camponotus floridanus'ta BMP sinyal yolunun endosimbiyont varlığında değişimi (İÜ-BAP/FYL-2021-37348)
Seçilmiş Yayınlar
Rafiqi, A.M, Rajakumar, A. and Abouheif, E. "Origin and elaboration of a major evolutionary transition in individuality." Nature 585.7824 (2020): 239-244.
Durmuş, Z. Ö., Milat, N. S., Rajakumar, A., & Rafiqi, A. M. (2025). Endosymbiont Interactions With the Germline Underlie a Case of Evolutionary Novelty in Carpenter Ants. Evolution & development, 27(4), e70025.
Travis Chen, Ab Matteen Rafiqi, Arjuna Rajakumar, Nihan Sultan Milat, et al. (2025). A Developmental Table for the Florida Carpenter Ant 𝘊𝘢𝘮𝘱𝘰𝘯𝘰𝘵𝘶𝘴 𝘧𝘭𝘰𝘳𝘪𝘥𝘢𝘯𝘶𝘴: Establishing Foundations for Mechanistic Studies of Development and Evolution in Ants. Qeios. doi:10.32388/OJQC0N.
Rafiqi A.M, Polo P.G., Milat N.S., Durmuş Z.Ö, Çolak-Al B., Alarcón M.E., Çağıl F.Z., Rajakumar A. (2022) Developmental Integration of Endosymbionts in Insects. Fron in Ecol & Evol
Alarcon, M.E., Polo, P.G., Akyüz, S.N., Rafiqi, A.M. (2022) Evolution and ontogeny of bacteriocytes in insects. Front in Phys, 13, 2482
Polo, P.G., Çolak-Al, B., Şentürk, H., Rafiqi A.M. (2022) Gut bacteria after recovery from COVID-19: a pilot study, Eur Rev for Med & Phar Sci, 26: 8599-8611
Alim Uysal, B. A., Kotan, G., Guneser, M. B., Dincer, A. N., Senturk, H., & Rafiqi, A. M. (2021). Investigation of the effect of different chelation solutions on penetration of resin-based and bioceramic sealers with a novel method. Microscopy res & tech, 10.1002/jemt.23717. Advance online publication. https://doi.org/10.1002/jemt.23717
Milat NS, Çelik M and Rafiqi A.M. Taxonomic classification analysis of human gut microbiota using Kraken 2 [version 1; not peer reviewed]. F1000Research 2021, 10:695 (poster)(https://doi.org/10.7490/f1000research.1118672.1)
Akyuz, S.N., Kina, U.Y., Aly, A.S.I, Palabiyik, B. (2023) Iron affects localization of Ght5 in fission yeast. FEMS Microbiology Letters, 17;370:fnad022
Kina, U.Y., Kamil, M., Deveci G., Rafiqi A.M., Aly A.S.I (2023) A Candidate Bacterial-Type Amino Acid Decarboxylase Is Essential for Male Gamete Exflagellation and Mosquito Transmission of the Malaria Parasite. ASM Infection & Immunity, 18;91(7):e0016723.
Kianifard, L., Rafiqi, A.M., Akcakir, O. et al. A recombinant Aspergillus oryzae fungus transmitted from larvae to adults of Anopheles stephensi mosquitoes inhibits malaria parasite oocyst development. Sci Rep 13, 12177 (2023). https://doi.org/10.1038/s41598-023-38654-0
Fatma Zehra Çağıl, Koray Ak, Ab Matteen Rafiqi, Ayten Saraçoğlu, Gamze Nur Öter, Şermin Tetik Determination of Early Diagnostic Biomarkers of Renal Dysfunction After Cardiopulmonary Bypass: miR-21 and miR10a Mediated Postoperative Inflammation Clin Exp Health Sci 2024; 14: 245-252
Formun Altı
