Araştırma Alanı: Mitokondriyal Biyoloji ve Tıp
Uzmanlık Alanları
Mitokondriyal biyoloji, mitokondriyal tıp, mitokondriyal hastalıklara yönelik terapötik yaklaşımlar, fare modelleri, mitokondriyal stres sinyallemesi, serbest radikaller, ilaç toksisitesi.
Bilimsel Etki
Dr. Doğan, mitokondriyal biyoloji, biyoenerjetik ve terapötik müdahaleler alanlarında geniş deneyime sahiptir. Çeşitli bilimsel komitelerde görev almış, önde gelen bilimsel dergiler için hakemlik yapmış ve bilim iletişimi faaliyetlerinde aktif rol üstlenmiştir. Bilime katkıları nedeniyle EMBO Installation Grant ve Bilim Akademisi Genç Bilim İnsanları Ödülü gibi prestijli ödüllerle onurlandırılmıştır. Sahip olduğu uzmanlık ve liderlik deneyimi, BILSAB'da hedeflediği araştırma programını ileriye taşımak için güçlü bir temel oluşturmaktadır.
Devam Eden Çalışmalar
Doğan Lab, sağlıkta ve hastalıkta mitokondrilerin rolünü araştırmaktadır. Laboratuvardaki çalışmalar mitokondrilerden çıkan farklı sinyalleri ve bu sinyallerin aktive ettiği moleküler yolakları sistematik olarak çözümlemeye odaklanmakta, özellikle bunların yaşlanma, yaşa bağlı hastalıklar, metabolizma ve mitokondriyal sağlık üzerindeki etkilerini anlamayı amaçlamaktadır. Laboratuvar mitokondriyal hastalıklar, özellikle mitokondriyal kardiyomiyopati ve miyopati, üzerine yoğunlaşmaktadır.
Doğan Lab'ın temel araştırma başlıkları şunlardır:
- Mitokondriyal hastalık fare modellerinin oluşturulması ve karakterizasyonu
- Mitokondriyal hastalıkların ve mitokondriyal stres yanıtlarının dokuya özgü özellikleri
- Mitokondriyal serbest radikal sinyalizasyonu
- İlaçların mitokondriyal toksisitesi
- Klinik ve hasta odaklı çalışmalar
Doğan Lab, genetik olarak modifiye edilmiş fare modellerinin tasarlanması, oluşturulması ve karakterizasyonu konusunda on yılı aşkın deneyime sahiptir. Bu çalışmalar mitokondriyal hastalık/disfonksiyon, metabolizma, kardiyomiyopati, miyopati, nörodejenerasyon, sinyal yolakları ve yaşa bağlı hastalıkları kapsamaktadır.
Vizyon
Doğan Lab, organ ve dokuya özgü insan mitokondriyal hastalıklarında kullanılabilecek potansiyel yeni tedavilere zemin hazırlamayı, aynı zamanda mitokondri araştırmalarında yenilikçi yaklaşımlar geliştirerek hem bilimsel keşiflere hem de toplumsal etkiye katkıda bulunmayı hedeflemektedir.
Laboratuvar ayrıca, ekip üyelerinin gelişip başarılı olabileceği destekleyici bir ortam sağlayarak yeni nesil mitokondri araştırmacılarını yetiştirmeyi ve Türkiye'de ve uluslararası düzeyde güçlü bir bilimsel topluluk oluşturmayı amaçlamaktadır.
Yaklaşım
Bir mentör olarak Dr. Doğan, iş birliği ve yaratıcılığın önemini vurgulamakta, ekibini cesur fikirleri keşfetmeye teşvik etmektedir. Doğan Lab yakın zamanda, disiplinlerarası iş birliği ve keşifleri destekleyen dinamik bir araştırma ortamı sunan BILSAB'a taşınmıştır.
Dr. Doğan, BILSAB'daki ileri teknoloji altyapıları kullanarak mitokondri araştırmalarının sınırlarını zorlamakta ve çığır açıcı keşifler ile yüksek etkili uygulamalar için fırsatlar yaratmaktadır.
Ekip Hakkında
Laboratuvarda şu anda bir doktora ve bir yüksek lisans öğrencisi bulunmaktadır. Araştırmacılar, mitokondriyal biyoloji, metabolizma, nörodejenerasyon ve yaşlanma alanlarındaki temel sorulara odaklanmakta, temel bilim araştırmaları ile hastalık odaklı çalışmaları birleştirmektedir.
Aylin Karataş
Aylin Karataş, lisans eğitimini 2021 yılında İstanbul Teknik Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü'nde tamamlamıştır. Yüksek lisansını İstanbul Medipol Üniversitesi Moleküler Tıp ve Biyoteknoloji Programı'nda yapmış ve aritmi fare modelinde tüm kalpte kardiyak innervasyon üzerine çalışmıştır. Halen BILSAB'daki Doğan Lab'da araştırmacı olarak görev yapmakta ve mitokondriyal disfonksiyonun metabolik sonuçları üzerine çalışmaktadır.
“BILSAB'ı huzurlu atmosferi, doğayla iç içe yapısı ve tarihi binasının sunduğu ilham verici ortam nedeniyle güçlü şekilde tavsiye ediyorum. Ayrıca laboratuvardaki iş birlikçi ve katılımcı çalışma kültürü, burayı keyifli ve geliştirici bir çalışma ortamı haline getiriyor." — Aylin
Ceyda Ergül
Ceyda Ergül, lisans eğitimini 2024 yılında Marmara Üniversitesi Biyomühendislik Bölümü'nde tamamlamıştır. Lisans tez çalışmasında, sistem biyolojisi yaklaşımı kullanarak obezite ve tip 2 diyabet arasında ortak olan kan temelli biyobelirteçleri araştırmıştır. Şu anda Biyoteknoloji yüksek lisansına devam etmekte ve BILSAB'daki Doğan Lab'da nörodejenerasyonda mitokondriyal disfonksiyon üzerine çalışmaktadır.
Ceyda, BILSAB'ı “eşsiz doğası ve güzel kampüsünün yanı sıra, farklı alanlardan araştırmacıları bilimsel olarak gelişmek üzere bir araya getiren bir merkez olması" nedeniyle güçlü şekilde desteklemektedir.
Projeler
- Mitokondriyal Hastalıkların ve Mitokondriyal Stres Yanıtlarının Dokuya Özgü Özellikleri
- Mitokondriyal Serbest Radikal Sinyalizasyonu
- Mitokondriyal Disfonksiyonun Metabolik Sonuçları
- Enerji Dengesi ve Beyin Yaşlanmasında Mitokondrilerin Rolü
Laboratuvar Mezunları
Mezun Öğrenciler
- Mehmet Yılmaz
Yeni Bir Mitokondriyal Miyopati Fare Modelinin Ön Karakterizasyonu (2022)
Şu anda Almanya'da doktora öğrencisi. - Özlem Kartal
Kalp ve İskelet Kası-Spesifik Mitokondriyal Aspartil-tRNA Sentetaz (DARS2) Nakavt Fare Modelinin İleri Karakterizasyonu (2022)
Şu anda İtalya'da doktora öğrencisi. - Semin Erkul
Farede Mitokondriyal Miyopatinin Hafifletilmesi (2023)
Şu anda Finlandiya'da doktora öğrencisi.
- Bengi Bekmez
5-Aminoimidazole-4-carboxamide ribonucleotide (AICAR)'ın Mitokondriyal (Kardiyo)Miyopati Üzerindeki Etkileri (2024)
Şu anda Barselona'da doktora öğrencisi. - Zeynep Melis Kayğun
Baklofenin Mitokondriyal Fonksiyon Üzerindeki Olası Etkileri (2024)
Şu anda Türkiye'de doktora öğrencisi.
Devam Eden Fonlar / Projeler
- (Araştırmacı olarak) Koç Üniversitesi'nden Dr. Serkan Kir ile birlikte:
NIK inhibisyonu ile kansere bağlı kas kaybının önlenmesi
TÜBİTAK 1001, 124Z372, 2024–2027. - (Araştırmacı olarak) İstanbul Üniversitesi'nden Prof. Zeynep Karakaş ile birlikte:
Hemoglobinopatilerde NAD+ ve antioksidanların okside hemoglobin ve mitokondriyal hasar ilişkili moleküler örüntüler (DAMP'ler) üzerindeki in vitro terapötik etkileri
YÖK Araştırma Üniversiteleri Destek Programı, 39178, 2022–2025. - (Danışman olarak) Hacettepe Üniversitesi'nden Dr. İbrahim Türkel ile birlikte:
Letrozol ile oluşturulan Polikistik Over Sendromu (PCOS) modeli ve mitokondriyal düzensizlik
TÜBİTAK 3501, 885058, 2025–2027.
Tamamlanan Fonlar / Projeler
- YÖK Araştırma Üniversiteleri Destek Programı-50004
Baklofenin Mitokondriyal Fonksiyon Üzerindeki Olası Etkileri (2023–2024) - TÜBİTAK 3501 Genç Araştırmacı Projesi
Farelerde Mitokondriyal (Kardiyo)Miyopatinin İki Farklı Yaklaşımla İyileştirilmesi (2022–2024) - Boğaziçi Üniversitesi Başlangıç Araştırma Fonu
Farelerde Mitokondriyal Miyopatinin Modellemesi (2020–2022) - EMBO Installation Grant
ROS-Aracılı Doku-Spesifik Mitokondriyal Biyogenez Kontrolü (2019–2023) - TÜBİTAK 2232 Araştırma Burs Programı
Farelerde iskelet kası-spesifik mitokondriyal aspartil-tRNA sentetaz (DARS2) eksikliğinin, özellikle mitokondriyal stres yolakları bağlamında karakterizasyonu (2019–2021) - Bilim Akademisi Genç Bilim İnsanları Ödül Programı
Mitokondriler (2019–2021)
Dr. Doymaz, lisans eğitimini 1983 yılında Ankara Universitesi Veteriner Fakültesinde tamamlamıştır. Milli Eğitim Bakanlığının desteklediği Yurt-Dışı Yüksek Lisans-Doktora eğitim programı aracılığıyla lisansüstü eğitimine Amerika Birleşik Devletleri'nde devem etmiştir. Sırasıyla, 1988 yılında yüksek lisans (MSc) ve 1991 yılında doktora (PhD) derecelerini University of Tennessee'de Herpes Virüs immunoloji alanındaki çalışmalarıyla tamamlamıştır.
Doktora eğitiminin ardından, 1991–1992 yılları arasında New York'ta Mount Sinai School of Medicine bünyesinde ve influenza virüs moleküler genetiği üzerinde doktora sonrası araştırmacı olarak çalışmıştır. Daha sonra mecburi hizmetini yapmak üzere Türkiye'ye dönmüş ve Fırat Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalında Yardımcı Doçent (1993), Doçent (1996) ve Profesör (2001) olarak görev yapmıştır.
Daha sonra klinik mikrobiyoloji alanında eğitim almak üzere 2001–2004 yılları arasında University of California, Los Angeles (UCLA)'da bulunmuştur. Arkasından, New Yorkta, Klinik Mikrobiyoloji Laboratuvarı Direktörü olarak Beth Israel Medical Center (2008), Saint Vincent Catholic Medical Center (2010) ve New Jersey'de Quest Diagnostics Laboratories'te (2012) çalışmıştır. Bu süreçte Amerikan Medikal Mikrobiology Board (ABMM) ve T.C.Sağlık Bakanlığı Tıbbi Mikrobiyoloji Uzmanlığı diplomalarını almıştır. Eylül 2012'de Bezmialem Vakıf Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalında göreve başlamıştır. Bu süreç, temel bilim altyapısının klinik uygulamalarla bütünleşmesini sağlamış ve kendisini akademik araştırma ile klinik uygulamaların kesişim noktasında konumlandırmıştır.
Araştırma Alanı
Viral İmmunoloji
Uzmanlık Alanları
- Viral immünoloji
- Viral tanı yöntemleri
- Klinik mikrobiyoloji
- Antibiyotik dirençli bakteriyel izolatlar
Araştırma Konusu
Laboratuvarımızda başlıca Crimean-Congo Hemorrhagic Fever virüs proteinlerinin immünolojik özellikleri araştırılmaktadır. Bu virüs, Türkiye'nin yanı sıra Çin'den Kosova'ya kadar uzanan geniş bir coğrafyada endemik özellik göstermektedir. Virüsün; keneler, yabani kemirgenler ve evcil hayvanları içeren kompleks yaşam döngüsü, korunma önlemlerini büyük ölçüde zorlaştırmaktadır. Bu nedenle, hastalığa ve etkene yönelik immünolojik yaklaşımlar, enfeksiyonun uzun vadeli kontrolünde en etkili yöntemlerden biri olarak değerlendirilmektedir.
Çalışmalarımızda başta nükleokapsid ve glikoproteinler olmak üzere viral proteinlere karşı gelişen humoral ve hücresel immün yanıtlar incelenmektedir. Amaç, enfeksiyonun immünolojisi ve immünopatolojisinin daha iyi anlaşılması yoluyla enfeksiyon sürecine yönelik daha etkili müdahale stratejilerinin geliştirilmesine katkı sağlamaktır.
Laboratuvar altyapımız; konfokal mikroskopi, akış sitometrisi (FACS) ve protein saflaştırma sistemleri dahil olmak üzere ileri düzey immünoloji ve moleküler biyoloji araştırmalarına uygun donanıma sahiptir. Hayvan araştırma üniteleri ve diğer gerekli çekirdek araştırma altyapılarının erişilebilir olması, immünolojik soruların in vivo koşullarda da araştırılmasına olanak sağlamaktadır.
Laboratuvar Ekibimiz;
Ekibimiz; bir proje yürütücüsü (PI), bir doktora sonrası araştırmacı (postdoc) ve iki doktora öğrencisi, ve iki yüksek lisans öğrencisinden oluşmaktadır.
Ayşegül Pirincal Post Doc
Sercan Keskin PhD Student
Özlem Bakangil PhD Student
Ömür Gözde Demirtaş MSc Student
Filiz Kaptan MSc Graduate Student
Devam Eden Projeler
'Kırım Kongo Kanamalı Ateşi Virüsü Kelkit Suşu Nükleokapsid Proteininin Doğal Bağışıklık Üzerindeki Etkilerinin İncelenmesi' BVU BAP 20250502 2025-2026.
'Identification and investigation of antigenicity of Spherical Body Protein 4 (SBP4) of abesia ovis'. TUBITAK 1001, 222O123, Budget 1.332.600 TL, 2023-2026.
Mezunlarımız
- Elif Karaaslan, PhD Post-Doctoral Fellow at Center for Disease Control and Prevention, Atlanta, GA, U.S.A.
- Sevde Hasanoğlu, MSc Bezmialem Clinical Microbiology Laboratory
- Nesibe Selma Çetin, PhD Medipol University
- Merve Yazıcı, PhD Medipol University
- Burcu Nur Aydın, MSc Medipol University
- Murat Ihlamur Biruni University
Tamamlanan Projeler
'Establishment of the Infrastructure of Institute of Life Sciences and Biotechnology' Funded by Turkish Ministry of Development,
'Development of nanoparticle-based carrier systems containing immunochemotherapeutic agents against visceral leishmaniasis'. Co-investigative Project with Yıldız Technical University Funded by TÜBİTAK 1003,
'Development of virus like particle-based vaccine against SARS-CoV-2' Funded by TUSEB,
'Investigation of antigenic similarities between Hazara virus nucleoprotein and Crimean Congo hemorrhagic fever virus nucleoprotein in terms of cellular response' Funded by Bezmialem Vakıf University Scientific Research Project Unit,
'Generation of Plasmid-Based Virus-Like Particle in Crimean Congo Hemorrhagic Fever Virus'. Bezmialem Vakıf University Scientific Research Project Unit.
'Evaluation of TritonX-100's inactivation effect on Influenza Virus infection'. Bezmialem Vakıf University Scientific Research Project Unit.
'Development of serological diagnostic methods for Crimean-Congo Hemorrhagic Virus'. Funded by TÜBİTAK 1003 Program.
'Analysis of immunological properties non-structural proteins of Crimean-Congo Hemorrhagic Fever Virus'. Funded by TÜBİTAK 1001.
Investigation of lymphoproliferative and Delayed Type Hypersensitivity Responses against Nucleoprotein of Crimean Congo Hemorrhagic Fever Virus Kelkit Strain'. Bezmialem Vakıf University Scientific Research Project Unit.
Immunological Characterization of the Crimean-Congo Hemorrhagic Fever Virus Nucleocapsid Protein mRNA Product. Bezmialem Vakıf University Scientific Research Project Unit.
Identification of Antigenic Regions in Cellular Th17 Responses to Crimean-Congo Hemorrhagic Fever Virus Nucleoprotein (NP). Bezmialem Vakıf University Scientific Research Project Unit.
Stable Expression of Crimean-Congo Hemorrhagic Fever Virus Kelkit Strain Proteins in Eukaryotic Cells. Bezmialem Vakıf University Scientific Research Project Unit.
Son Yayınlar;
Keskin S, Pavel STI, Sak R, Bahadori F, Aslan AF, Aktaş M, Karakeçili F, Kalkan A, Özdarendeli A, Doymaz MZ. Modified mRNA Encoding the Crimean-Congo Hemorrhagic Fever Virus Nucleocapsid Protein Confers Robust Protection Against Lethal Challenge in Mice. J Med Virol. 2026 May;98(5):e70940. doi: 10.1002/jmv.70940. PMID: 42028727.
Pirincal A, Keskin S, Doymaz MZ. Amino Terminal Region of Crimean-Congo Hemorrhagic Fever Virus (CCHFV) Nucleocapsid (NP) Protein Contains Dominant Epitopes Recognised by Cellular Immunity. Immunology. 2026 Jun;178(2):336-347. doi: 10.1111/imm.70119. Epub 2026 Feb 7. PMID: 41652995.
Ozubek S, Keskin S, Ulucesme MC, Eyvaz A, Alatas M, Doymaz MZ, Aktas M. Molecular characterization and recombinant expression of Babesia ovis SBP4 protein as a potential serodiagnostic antigen. Sci Rep. 2025 Nov 22;15(1):45001. doi: 10.1038/s41598-025-28444-1. PMID: 41274971; PMCID: PMC12749470.
Pirincal A, Cetin NSG, Sumbul B, Daskaya H, Durdu B, Doymaz MZ. A non-fatal Crimean-Congo hemorrhagic fever virus infection; The balanced cytokine responses on the outcome of the clinical disease. Diagn Microbiol Infect Dis. 2026 Feb;114(2):117145. doi: 10.1016/j.diagmicrobio.2025.117145. Epub 2025 Oct 11. PMID: 41092533.
Bakangil Ö, Karaaslan E, Hasanoğlu Sayın S, Keskin S, Doymaz MZ. Description of Multicopy Recombinant Hepatitis B Surface Antigen: From Expression to Immune Analysis. Mol Biotechnol. 2025 Aug 8. doi: 10.1007/s12033-025-01492-8. Epub ahead of print. PMID: 40781577.
Karaaslan E, Chiang CF, Kurutaş GÖ, Barkay O, Çetin Güler NS, Kalkan MY, Karakoç Parlayan HN, Akdoğan Ö, Çelikbaş AK, Aksoy F, Binay UD, Baykam N, Yılmaz G, Sajadi MM, Pegan SD, Klena JD, Montgomery JM, Karakeçili F, Kalkan A, Doymaz MZ, Spiropoulou CF, Bergeron É. Rapid, sensitive, and species-independent detection of Crimean Congo hemorrhagic fever virus nucleoprotein and GP38 antibodies. EBioMedicine. 2025 Aug;118:105857. doi: 10.1016/j.ebiom.2025.105857. Epub 2025 Jul 23. PMID: 40706445; PMCID: PMC12305605.
Pirincal A, Doymaz MZ. The Role of Nucleocapsid Protein (NP) in the Immunology of Crimean-Congo Hemorrhagic Fever Virus (CCHFV). Viruses. 2024 Sep 30;16(10):1547. doi: 10.3390/v16101547. PMID: 39459881; PMCID: PMC11512346.
Kalkan-Yazıcı M, Karaaslan E, Çetin NS, Hasanoğlu S, Güney F, Zeybek Ü, Doymaz MZ. Cross-Reactive anti-Nucleocapsid Protein Immunity against Crimean-Congo Hemorrhagic Fever Virus and Hazara Virus in Multiple Species. J Virol. 2021 Mar 10;95(7):e02156-20. doi: 10.1128/JVI.02156-20. Epub 2021 Jan 13. PMID: 33441341; PMCID: PMC8092682.
Kalkan-Yazıcı M, Karaaslan E, Güler-Çetin NS, Doymaz MZ. Cellular immunity to nucleoproteins (NP) of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (CCHFV) and Hazara Virus (HAZV). Med Microbiol Immunol. 2024 Sep 25;213(1):20. doi: 10.1007/s00430-024-00802-2. PMID: 39320473.
KalkanYazıcı, M., Koc, M. M., Cetin, N. S., Karaaslan, E., Okay, G., Durdu, B., Sumbul, B., Doymaz, M. Z., 2020. Discordance between serum neutralizing antibody (NAb) titers and the recovery from Coronavirus Disease-2019 (COVID-19). J. Immun. 2020 Sep 25:ji2000840. doi: 10.4049/jimmunol.2000840.
