onur-emre-onat

 

​​

Dr. Onat, 2004 yılında Boğaziçi Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü'nden mezun olmuştur. 2004–2012 yılları arasında Bilkent Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü'nde yüksek lisans ve doktora çalışmalarını yürütmüş; bu süreçte nadir hastalıkların genetik nedenlerinin araştırılmasına odaklanmıştır. Doktora çalışmaları kapsamında temel araştırma alanı, insanlarda dört ekstremite üzerinde yürüme fenotipi ile dikkat çeken serebellar hipoplazi ve mental retardasyon sendromlarının (CAMRQ) genetik nedenlerinin aydınlatılması olmuştur.

Doktora eğitiminin ardından, leptin hormonunun kaşifi ve Lasker ödülü sahibi Dr. Jeffrey Friedman ile TÜBİTAK bilim ödülü sahibi Dr. Tayfun Özçelik ile Rockefeller ve Bilkent Üniversiteleri iş birliği projesinde, beynin hipotalamus bölgesindeki nöronlar tarafından düzenlenen "açlık/tokluk" hissinin moleküler mekanizmasını çözmeye odaklanmıştır. Bu dönemde karmaşık kalıtımlı hastalıklar üzerine çalışmış ve kapsamlı bir DNA bankası ile genom veritabanının kurulmasına katkıda bulunmuştur. Bu kapsamda; ailesel obezite, aşırı zayıflık ve polikistik over sendromu gibi metabolik hastalıklar; esansiyel tremor ve Parkinson hastalığı gibi nörodejeneratif bozukluklar; gecikmiş uyku fazı sendromu ile dikkat eksikliği ve hiperaktivite bozukluğu gibi sirkadiyen ritimle ilişkili psikiyatrik ve davranışsal fenotiplerde gen keşfi çalışmaları yürütmüştür.

Translasyonel genomik ve büyük veri analizi alanında uzmanlaşmış olan Dr. Onat'ın araştırmaları Cell, Nature Genetics, JCI, Genome Research, PNAS ve EJHG gibi saygın bilimsel dergilerde yayımlanmıştır. Dr. Onat'ın yürütücülüğünü yaptığı ONAT Lab, hastalık genlerinin ve terapötik adayların keşfine yönelik kişiselleştirilmiş tıp odaklı translasyonel araştırmalar yürütmekte; aynı zamanda yeni nesil bilim insanlarının yetişmesine katkı sağlamaktadır.

Uzmanlık Alanı

Translasyonel Genomik, İnsan Moleküler Genetiği, Biyoinformatik, Nadir ve Kompleks Hastalıklar, Metabolik Bozukluklar, Nörodejeneratif Bozukluklar, Psikiyatrik Bozukluklar, Davranışsal Fenotipiler, Yeni Nesil Büyük Veri Analizi ve Hastalık Gen Keşfi, Popülasyon Genetiği.

Bilimsel Etki

Dr. Onat'ın bilimsel çalışmaları, insan hastalıklarının genetik temellerini aydınlatmak ve bu bilgiyi hassas tıp yaklaşımlarına dönüştürmek üzerine odaklanmaktadır. Araştırma çizgisi; nadir hastalık genlerinin keşfinden metabolik, nörodejeneratif, psikiyatrik ve davranışsal fenotipler gibi karmaşık kalıtımlı bozuklukların genomik mimarisinin çözülmesine uzanan geniş bir translasyonel ekseni kapsamaktadır.

Hesaplamalı biyoloji, biyoinformatik, moleküler genetik ve popülasyon genetiğini bir araya getiren Dr. Onat, yeni nesil dizileme verilerinden hastalıkla ilişkili gen ve varyantların tanımlanmasına yönelik kapsamlı analiz stratejileri geliştirmektedir. Çalışmaları; ailesel obezite, aşırı zayıflık, polikistik over sendromu, esansiyel tremor, Parkinson hastalığı, gecikmiş uyku fazı sendromu ve dikkat eksikliği/hiperaktivite bozukluğu gibi insan sağlığı açısından önemli fenotiplerin genetik bileşenlerinin anlaşılmasına katkı sağlamıştır.

Dr. Onat'ın araştırmaları, temel genomik keşifleri klinik ve translasyonel uygulamalarla bütünleştirerek hastalık mekanizmalarının anlaşılması, tanısal yaklaşımların geliştirilmesi ve potansiyel terapötik hedeflerin belirlenmesi için güçlü bir zemin oluşturmaktadır. Büyük ölçekli genomik veri analizi, hastalık geni tanımlama ve kişiselleştirilmiş tıp alanlarındaki çalışmaları; insan genetiği bilgisinin hasta yararına dönüştürülmesini hedefleyen bütüncül bir araştırma vizyonunu yansıtmaktadır.

Dr. Onat'ın yürütücülüğünü yaptığı ONAT Lab, hastalık genlerinin ve terapötik adayların keşfine yönelik translasyonel araştırmalar yürütürken, aynı zamanda biyoinformatik, genomik ve moleküler genetik alanlarında yetkin yeni nesil bilim insanlarının yetişmesine katkı sağlamaktadır.

Devam Eden Çalışmalar

ONAT Lab'ın temel araştırma odağı, insan hastalıklarının genetik etiyolojisini aydınlatmak ve bu bilgiyi hassas tıp uygulamalarına dönüştürmektir. Laboratuvar, yeni nesil dizileme teknolojileriyle elde edilen genomik verileri; hasta bireyler, sağlıklı kontroller ve etkilenmemiş aile üyeleri arasında karşılaştırmalı olarak analiz ederek hastalığa neden olan varyantların, genlerin ve biyolojik yolakların tanımlanmasına yönelik yöntemler geliştirmektedir.

Bu kapsamda ONAT Lab; biyoinformatik, istatistiksel genomik, popülasyon genetiği, biyolojik veri tabanları, ağ modellemeleri ve makine öğrenimi gibi hesaplamalı biyoloji yaklaşımlarını; homozigotluk haritalama, bağlantı analizi, SNP genotipleme, sitogenetik değerlendirmeler ve moleküler biyoloji yöntemleriyle entegre biçimde kullanmaktadır. Bu çok katmanlı yaklaşım, özellikle nadir hastalıklar, kalıtsal metabolik bozukluklar, nörodejeneratif hastalıklar, psikiyatrik/davranışsal fenotipler ve karmaşık kalıtımlı hastalıkların genetik mimarisinin çözülmesine katkı sağlamaktadır.

Laboratuvar, omik verileri klinik fenotipler, aile öyküsü, popülasyon genetiği bilgisi ve büyük ölçekli biyolojik veri setleriyle bütünleştirerek hastalık mekanizmalarını daha derinlemesine anlamayı hedeflemektedir. Geliştirilen analiz stratejileri yalnızca hastalık geni keşfine değil; aynı zamanda tanısal süreçlerin güçlendirilmesine, aday terapötik hedeflerin belirlenmesine ve kişiselleştirilmiş tıp yaklaşımlarının geliştirilmesine olanak sağlamaktadır.

ONAT Lab, büyük ölçekli genomik ve biyolojik verilerden anlamlı içgörüler üretmeyi, bu içgörüleri bilimsel keşiflere dönüştürmeyi ve elde edilen bilgiyi sağlık sistemi ile toplum yararına uygulanabilir çözümler geliştirmek için kullanmayı amaçlamaktadır.

Vizyon

ONAT Lab'ın vizyonu, insan hastalıklarının genetik temellerini ileri genomik, biyoinformatik ve hesaplamalı biyoloji yaklaşımlarıyla aydınlatarak kişiselleştirilmiş tıp uygulamalarına katkı sağlamaktır. Bu vizyon; nadir ve yaygın hastalıkların genetik etiyolojisini anlamayı, hastalıkla ilişkili gen ve varyantları tanımlamayı, yenilikçi analiz yöntemleri geliştirmeyi ve elde edilen bilimsel bilgiyi klinik uygulamalara dönüştürmeyi kapsamaktadır.

Dr. Onat, büyük ölçekli genomik ve omik verilerin klinik fenotiplerle entegre edilmesi yoluyla hastalık mekanizmalarının daha derinlemesine anlaşılabileceğine inanmaktadır. Bu doğrultuda araştırmaları, temel genetik keşiflerden tanısal yaklaşımlara, biyobelirteç geliştirilmesinden potansiyel terapötik hedeflerin belirlenmesine kadar uzanan translasyonel bir çerçevede ilerlemektedir.

ONAT Lab'ın uzun vadeli hedefi, Türkiye'nin özgün genetik yapısını ve güçlü klinik araştırma potansiyelini kullanarak ülkemizi insan genetiği, genomik tıp ve biyoinformatik alanlarında uluslararası düzeyde etkili bir araştırma merkezi hâline getirmeye katkıda bulunmaktır. Bu hedefin ayrılmaz bir parçası olarak Dr. Onat, yeni nesil bilim insanlarını disiplinler arası, veri odaklı ve translasyonel araştırma kültürüyle yetiştirmeyi amaçlamaktadır.

Yaklaşım

Bir araştırma grubu lideri olarak temel yaklaşımım, insan hastalıklarının genetik temellerini aydınlatırken aynı zamanda yeni nesil bilim insanlarını yetiştirmek ve Türkiye'de güçlü, üretken ve uluslararası düzeyde rekabetçi bir bilimsel ekosistemin gelişimine katkı sağlamaktır. Araştırmalarımız; hastalığa neden olan varyantların, genlerin ve biyolojik yolakların tanımlanması için yenilikçi analitik yöntemler geliştirmeye ve bu yöntemleri klinik açıdan anlamlı fenotiplerle bütünleştirmeye odaklanmaktadır.

ONAT Lab'da araştırma kültürü; bilimsel merak, metodolojik titizlik, veri odaklı düşünme ve translasyonel etki ilkeleri üzerine kuruludur. Ekibimizi, karmaşık biyolojik sorulara disiplinler arası bir bakış açısıyla yaklaşmaya; genomik, biyoinformatik, moleküler genetik ve popülasyon genetiği yöntemlerini birlikte kullanarak insan sağlığına katkı sağlayabilecek keşifler yapmaya teşvik ediyoruz.

BİLSAB'ın gelişmiş araştırma altyapısı ve vizyoner misyonu, bu hedeflere ulaşmada güçlü bir zemin sunmaktadır. Enstitü bünyesinde biyoinformatik, istatistiksel genomik, makine öğrenimi, ağ modellemeleri ve popülasyon genetiği gibi hesaplamalı biyoloji yaklaşımlarını; moleküler sitogenetik, yeni nesil dizileme, biyolojik veri tabanları ve moleküler biyoloji yöntemleriyle entegre ederek kapsamlı translasyonel araştırmalar yürütmekteyiz. Hasta bireylerden elde edilen genomik verilerin sağlıklı kontroller ve etkilenmemiş aile üyeleriyle karşılaştırılması, hastalıkla ilişkili genetik değişikliklerin güvenilir biçimde saptanmasına olanak sağlamaktadır.

Bu yaklaşım yalnızca temel bilimsel soruların yanıtlanmasını değil, aynı zamanda tanısal süreçlerin geliştirilmesini, biyobelirteçlerin belirlenmesini ve potansiyel terapötik hedeflerin ortaya çıkarılmasını da desteklemektedir. BİLSAB'ın sunduğu disiplinler arası iş birliği ortamı, öğrencilerin ve araştırmacıların modern genomik teknolojileri, büyük veri analizi ve translasyonel araştırma yaklaşımlarını deneyimleyerek yetişmesine katkı sağlamaktadır.

Bu çerçevede ONAT Lab ve BİLSAB, Türkiye'nin insan genetiği, genomik tıp, biyoinformatik ve biyoteknoloji alanlarında uluslararası ölçekte daha görünür, üretken ve etkili bir merkez hâline gelmesine katkıda bulunmayı hedeflemektedir.

Ekip Hakkında

Ekibimiz; bir PI, bir Lab Teknisyeni, iki Doktora Adayı ve üç Doktora Öğrencisi ve iki yüksek lisans öğrencisinden oluşmaktadır.

Şeyma Ateş

Şeyma Ateş, moleküler biyoloji, genetik, tıbbi genetik ve biyoinformatik alanlarında araştırmalar yürüten bir araştırmacıdır. Lisans ve yüksek lisans eğitimini Biruni Üniversitesi'nde tamamlamış; İstanbul Üniversitesi Laborant ve Veteriner Sağlık programından mezun olmuş, aynı üniversitede felsefe alanındaki eğitimine devam ederek disiplinler arası bir düşünce altyapısı geliştirmiştir. Eğitim sürecinde kanser biyolojisi, hücre kültürü ve biyoinformatik alanlarında teorik ve uygulamalı deneyim edinmiştir.

Araştırma ilgi alanları; genomik analizler, moleküler mekanizmaların karakterizasyonu ve hastalıklarla ilişkili genetik süreçlerin aydınlatılmasına yönelik deneysel ve hesaplamalı yaklaşımları kapsamaktadır. Hâlen Beykoz Yaşam Bilimleri ve Biyoteknoloji Enstitüsü'nde Laboratuvar Teknisyeni olarak görev yapan Ateş, hücre kültürü çalışmaları, genomik analizler ve moleküler biyoloji temelli araştırma projelerinde etkin rol üstlenmektedir.

Faruk Üstünel

Faruk Üstünel, omiks verileri, yapay zekâ ve makine öğrenimi yaklaşımlarını kullanarak sirkadiyen ritim bozuklukları için terapötik hedeflerin belirlenmesi üzerine çalışan bir biyoinformatikçi ve ilaç keşfi-geliştirme alanında doktora adayıdır. İstanbul Üniversitesi'nde Moleküler Biyoloji ve Genetik lisans eğitimini, Bezmialem Vakıf Üniversitesi'nde ise Biyoteknoloji yüksek lisansını tamamlamıştır.

Hâlen Beykoz Yaşam Bilimleri ve Biyoteknoloji Enstitüsü'nde Araştırma Görevlisi olarak görev yapmaktadır. Çalışmaları; kompleks ve nadir hastalıklarla ilişkili yeni genlerin tanımlanması, nadir varyant analizleri için biyoinformatik iş akışlarının geliştirilmesi, çok katmanlı omiks verilerinin entegrasyonu ve hesaplamalı genomik araçlarının uygulanmasını kapsamaktadır. Ayrıca, UK Biobank ve All of Us gibi büyük ölçekli biyobanka verilerinin analizi ile popülasyon genetiği çalışmalarında yer almakta; genetik varyasyonların hastalık fenotipleriyle ilişkisini incelemektedir. Bunun yanı sıra, evrimsel korunmuşluk skorlarını kullanarak sirkadiyen ritim fenotiplerine özgü potansiyel hastalık yapıcı varyantların belirlenmesi üzerine araştırmalar yürütmektedir. Yüksek başarımlı hesaplama (HPC) sistemlerinin kurulumu, kullanımı ve yönetimi konusunda da tecrübelidir.

Akademik çalışmalarına ek olarak tarımsal genomik alanında girişimcilik faaliyetleri sürdürmekte; ürün dayanıklılığı, adaptasyon ve sürdürülebilirliği artırmaya yönelik genomik teknolojiler ve veri odaklı biyoteknolojik çözümler geliştirmektedir.

Levise Tenay

Levise Tenay, Biyoteknoloji alanındaki doktora eğitimini Bezmialem Vakıf Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü bünyesinde sürdüren ve araştırmalarını yapısal biyoinformatik ile hesaplamalı ilaç keşfi alanlarında yoğunlaştıran bir araştırmacıdır. Lisans eğitimini 2021 yılında Biruni Üniversitesi Biyomedikal Mühendisliği Bölümü'nde tamamlamasının ardından, 2021-2023 yılları arasında Almanya'daki Saarland Üniversitesi Biyoinformatik Bölümü'nde gönüllü araştırmacı olarak uluslararası araştırma deneyimi kazanmış; hesaplamalı modelleme, biyolojik veri analizi ve biyoinformatik algoritma geliştirme alanlarındaki projelere aktif katkı sağlamıştır.

2024 yılında doktora çalışmalarına başlamış olup, Beykoz Yaşam Bilimleri ve Biyoteknoloji Enstitüsü bünyesinde Araştırma Görevlisi olarak akademik ve araştırma faaliyetlerini sürdürmektedir. Araştırma faaliyetleri; protein yapı-fonksiyon ilişkilerinin yapısal biyoinformatik yaklaşımlarla aydınlatılması, kompleks hastalıklarda önceliklendirilen aday gen varyantlarının yapısal ve işlevsel analizleri ile terapötik potansiyel taşıyan küçük moleküllerin yapı-temelli rasyonel tasarımı üzerine odaklanmaktadır. Moleküler yerleştirme (molecular docking), moleküler dinamik simülasyonları ve protein-protein etkileşim ağı analizi gibi ileri düzey hesaplamalı yöntemleri deneysel in vitro çalışmalarla bütünleştiren translasyonel bir yaklaşımla sürdürülen bu araştırmalar, temel bilimsel bulgulardan klinik uygulamaya uzanan sürece katkı sağlamayı hedeflemektedir.

Vildan Saraç

Vildan Ateşoğlu, moleküler genetik, fonksiyonel genomik ve biyoinformatik alanlarında uzmanlaşmış bir Moleküler Biyologdur. Lisans ve yüksek lisans derecelerini Yıldız Teknik Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü'nden almıştır. Yüksek lisansı boyunca transkripsiyonel regülasyon mekanizmaları, epigenetik süreçler ve hücresel yanıtların moleküler temelleri üzerine odaklanmıştır.

Hâlen Bezmialem Vakıf Üniversitesi Yaşam Bilimleri ve Biyoteknoloji Enstitüsü'nde Araştırma Görevlisi olarak görev yapmakta ve aynı zamanda doktora çalışmalarına devam etmektedir. Araştırmalarında deneysel moleküler biyoloji süreçleri ile hesaplamalı biyoinformatik yaklaşımlarını entegre bir şekilde kullanmaktadır. Mevcut çalışmalarında; sirkadiyen ritimlerin regülasyonu ve uyku bozuklukları gibi kompleks patolojilerde rol oynayan hedef genlerin fonksiyonel karakterizasyonu üzerine yoğunlaşmaktadır.

Sümeyye Cilmeli

Sümeyye Cilmeli, Bezmialem Vakıf Üniversitesi Biyoteknoloji Bölümü'nde obezitenin moleküler karakterizasyonunu araştıran bir Moleküler Biyolog ve Genetikçidir. Lisans eğitimini Bursa'daki Uludağ Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü'nde, yüksek lisansını ise Samsun'daki Ondokuz Mayıs Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü'nde tamamlamıştır.

Johnson & Johnson ve Bayer gibi firmaların desteklediği Faz 3 klinik çalışmalarına ETHIC CRO'da Klinik Araştırma Koordinatörü olarak katılmıştır. Ayrıca VERA GÜBRE'de Ar-Ge Uzmanı olarak polihidroksibutirat üretimi ve biyoteknolojik ürün geliştirme projelerine katkıda bulunmuştur. Hâlen TÜBİTAK 1001 projesi kapsamında ONAT Lab'da obezitenin moleküler karakterizasyonu üzerine araştırma yürütmektedir.

Ahmet Burak Doğanoğlu

Ahmet Burak Doğanoğlu, BILSAB Biyoteknoloji Programı'nda doktora öğrencisi olarak biyoinformatik çalışmalarını sürdürmektedir. Üsküdar Üniversitesi'nde Moleküler Biyoloji ve Genetik lisans eğitiminin ardından Biyoinformatik alanında yüksek lisans derecesini tamamlamıştır. Beykoz Yaşam Bilimleri ve Biyoteknoloji Enstitüsü bünyesinde; moleküler biyoloji teknikleri, yapısal biyoloji ve multi-omik biyoinformatik yaklaşımlarını kullanarak çeşitli akademik araştırmalarda yer almaktadır.

Duru Hayal Genç

Moleküler biyoloji ve genetik alanında araştırmalarını sürdüren Duru Hayal Genç, lisans eğitimini bölüm birincisi olarak İstanbul Sabahattin Zaim Üniversitesi'nde tamamlamıştır ve Bezmiâlem Vakıf Üniversitesi Biyoteknoloji yüksek lisans programında çalışmalarına devam etmektedir. Lisans eğitimini tamamlarken Sabri Ülker AR-GE merkezinde laboratuvar asistanlığı yapan Duru, akademik yolculuğu boyunca TÜBİTAK  destekli projelerde araştırmacı ve proje yürütücüsü olarak hücre kültürü, moleküler biyoloji ve kanser araştırmaları üzerine çeşitli projelerde aktif rol almıştır.

Şu anda tez çalışmasını ONAT Lab'da DEHB (dikkat eksikliği ve hiperaktivite) fenotiplerinin genetik olarak ayrıştırılması ve karşılaştırılması üzerine yürütmekte, aynı zamanda uyku bozuklukları ile ilişkili genlerin keşfi ve moleküler mekanizmalarının araştırıldığı projede TÜSEB proje bursiyeri olarak görev almaktadır.

Elif Yılmaz

Elif Yılmaz, Lisans eğitimini İstanbul Sabahattin Zaim Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü'nde tamamlamış, eğitim süreci boyunca özellikle kanser biyolojisi, hücre kültürü ve biyoinformatik alanlarında akademik ve araştırma deneyimi kazanmıştır. Şu anda Bezmialem Vakıf Üniversitesi Biyoteknoloji Bölümü'nde yüksek lisans çalışmalarını sürdürmekte ve genomik analizler üzerine araştırmalar yapmaktadır.                                                                        Araştırma süreçlerinde moleküler biyoloji teknikleri, hücre kültürü uygulamaları ve biyoinformatik veri analizi alanlarında aktif olarak çalışmış; laboratuvar ve biyoinformatik becerilerini multidisipliner projelerle geliştirmiştir. Ayrıca Fas'ta National School of Agriculture of Meknes bünyesinde bitki biyoteknolojisi alanında yurt dışı stajını tamamlamış, farklı araştırma ortamlarında çalışma deneyimi kazanmıştır.TÜBİTAK destekli projede araştırmacı olarakda  yer alan Elif Yılmaz, özellikle genomik, biyoinformatik ve kanser biyolojisi alanlarında akademik kariyerini ilerletmeyi hedeflemektedir. Şu anda ONAT Lab'da  genomik analizler ve moleküler biyoloji alanlarında çalışmalar yürütmektedir.

Ekip Olarak Başarılarımız

Araştırmalarımız, ulusal ve uluslararası kuruluşlar tarafından desteklenmekte olup, nadir ve karmaşık hastalıkların genetik mimarisinin anlaşılmasına odaklanmaktadır. Büyük Veri Laboratuvarımız, insan hastalıklarının genetik temellerini aydınlatmak amacıyla yeni nesil dizileme verilerinin analizine yönelik kapsamlı biyoinformatik ve genomik analiz altyapıları geliştirmektedir.

Bu kapsamda ileri biyoinformatik, istatistiksel genomik ve hesaplamalı biyoloji yaklaşımlarını bütüncül bir çerçevede kullanmaktayız. Uyguladığımız yöntemler arasında gen bazlı nadir varyant yük analizleri, agregasyon temelli yaklaşımlar, fenom/genom ilişkilendirme analizleri, yeni nesil dizileme veri analizleri, popülasyon genetiği incelemeleri, fonksiyonel önceliklendirme, makine öğrenimi, ağ temelli analizler ve yapısal biyoinformatik yaklaşımlar yer almaktadır.

Genomik analizler sonucunda belirlenen aday gen ve varyantlar, moleküler, fonksiyonel ve translasyonel düzeyde ileri incelemelere tabi tutulmaktadır. Bu amaçla temel ve ileri moleküler biyoloji teknikleri, hücre kültürü sistemleri ve uygun deneysel/hayvan modelleri kullanılarak aday genlerin hastalık patogenezindeki rolleri değerlendirilmektedir.

ONAT Lab olarak ulusal ve uluslararası bilimsel iş birlikleriyle hastalık mekanizmalarını çözümlemeyi, tanısal ve translasyonel yaklaşımlar geliştirmeyi ve insan sağlığına katkı sağlayacak yenilikçi bilimsel çıktılar üretmeyi amaçlıyoruz.

Projeler

• Serotonerjik Düzenlemede HTR1D Genetik Varyantlarının Rolünün Fonksiyonel Analizi' BAP, Yürütücü/ Kuruluş: Onur Emre Onat, Bezmialem Vakıf Üniversitesi Araştırmacı: Levise Tenay 2026 (Devam Ediyor)

• Evolutionary Insights into the Genetics of Sleep Phase Disorders Using Cactus447way Genome Alignments and the UK Biobank Sleep Cohort, Diğer (Uluslararası), Yürütücü:ONUR EMRE ONAT, Araştırmacı:FARUK ÜSTÜNEL, , 26/01/2026 (Devam Ediyor)

• Understanding the Genetic Roots of Obesity Across Populations, Diğer (Uluslararası), Yürütücü:FARUK ÜSTÜNEL, Araştırmacı:ONUR EMRE ONAT, , 02/06/2025 (Devam Ediyor)

• Uyku Fazı Bozukluklarının Genetik Temellerinde Evrimsel Korunmuşluğun Rolü: Cactus447way Tüm Genom Hizalamalarından Elde Edilen Diurnal ve Nocturnal Spesifik Varyantların UK Biobank Uyku Kohortunda İncelenmesi, - Tüseb A GRUBU ACİL AR-GE PROJELERİ, Yürütücü:FARUK ÜSTÜNEL, Danışman:ONUR EMRE ONAT, , 14/04/2025 (Devam Ediyor)

• 2223-B Yurt İçi Bilimsel Etkinlik Düzenleme: 17. Uluslarası Sağlık Bilişimi ve Biyoinformatik Sempozyumu (International Symposium on Health Informatics and Bioinformatic), Diğer (Ulusal), Yürütücü:ONUR EMRE ONAT, , 18/12/2024 - 31/01/2025

• Uyku bozuklukları ile ilişkili genlerin keşfi, moleküler karakterizasyonu ve hastalık patogenezindeki rollerinin araştırılması, - Tüseb B GRUBU AR-GE PROJELER, Yürütücü:ONUR EMRE ONAT, Araştırmacı:ŞEREF GÜL, Araştırmacı:GÜLÇİN BENBİR ŞENEL, Araştırmacı:DERYA KARADENİZ, Araştırmacı:VİLDAN SARAÇ, , 30/01/2025 (Devam Ediyor)

• Obezite ile Ilişkilendirilmiş Steap1b, Kcnq5 ve Ucp1 Genlerinin Hastalık Patogenezindeki Rollerinin Araştırılması ve Moleküler Karakterizasyonu, -Tübitak 1001, Yürütücü:ONUR EMRE ONAT, Araştırmacı:GÜNSELİ BAYRAM AKÇAPINAR, Araştırmacı:KAYA BİLGÜVAR, Danışman:CANER ÇAĞLAR, Danışman:HAKAN BULUŞ, , 15/07/2023 (Devam Ediyor)

• X-KROMOZOMU İNAKTİVASYONU VE OTIİMMÜNİTE İLİŞKİSİNİN ARAŞTIRILMASI, -Tübitak 1001, Yürütücü:HASAN TAYFUN ÖZÇELİK, Bursiyer:ONUR EMRE ONAT, , 01/06/2006 - 01/06/2009

Devam Eden Fonlar / Projeler

• Obeziteyle ilişkili STEAP1B, KCNQ5 ve UCP1 genlerinin hastalık patogenezindeki rollerinin araştırılması ve moleküler karakterizasyonu — TÜBİTAK 1001
• Uyku bozuklukları ile ilişkili genlerin keşfi, moleküler karakterizasyonu ve hastalık patogenezindeki rollerinin araştırılması — TÜSEB
• Serotonerjik Düzenlemede HTR1D Genetik Varyantlarının Rolünün Fonksiyonel Analizi' – BAP

Tamamlanan Fonlar / Projeler

• Türk Ailelerinde PCOS (Polikistik Over Sendromu) Genetiği: PKOS'ta Nedensel Gen Mutasyonlarının Tanımlanması — Rockefeller Üniversitesi Klinik ve Translasyonel Bilim Merkezi (RUCCTS)
• Türk Ailelerinde Obezite Genetiği: Obezitede Nedensel Gen Mutasyonlarının Tanımlanması — Rockefeller Üniversitesi Klinik ve Translasyonel Bilim Merkezi (RUCCTS)

Mezun Öğrenciler

Mezun Öğrenci Görüşleri

ONAT Lab, mezunlarına genetik, biyoinformatik ve moleküler biyoloji alanlarında uzmanlık geliştirmeleri için paha biçilmez fırsatlar sunmuştur. Laboratuvarın yenilikçi ve disiplinlerarası yaklaşımı, mezunları biyoteknoloji, kanser araştırmaları ve klinik uygulamalar gibi çeşitli alanlarda başarılı olmak için gereken becerilerle donatmıştır. Laboratuvar tarafından sunulan kaynaklar, eğitim ve iş birliğine dayalı ortam; mezunların karmaşık hastalık mekanizmalarını keşfetmelerine, araştırma kapasitelerini geliştirmelerine ve problem çözme becerilerini edinmelerine olanak sağlamıştır.

Yayınlar

1. Onat OE, Bayraktar UA, Bayraktar Y. Whole Exome Sequencing Identified Novel Mutations in Turkish Families with Joubert-related Disorders. Osmangazi Tıp Dergisi 2026; 48(2): 210-219. Doi: 10.20515/otd.1835509
2. Onat OE*, Akbostanci C, Doganyigit-Revino KE, Sen M, Akbostanci CM. “Effects of essential tremor on longevity and mortality rates in families." Manuscript is under review by PlosOne
3. Onat OE*. Exploring CRY1 Protein Residue Associations with Diurnal and Nocturnal Behaviors Across Vertebrate Species. PBS. 2024; 14(1): 58-106.
4. Sedillo J, Badduke C, Schrodi S, Scaria V, Onat OE, Alfadhel M, Ober C, Wentworth-Sheilds W, Steiner RD, Saba JD. Prevalence estimates of sphingosine phosphate lyase insufficiency syndrome in worldwide and select populations.  Genetics in Medicine Open 2024; 2; 100840. Cited by: 1             
5. Congur I, Koni E, Onat OE, Tokcaer Keskin Z. Meta-analysis of commonly mutated genes in leptomeningeal carcinomatosis. PeerJ. 2023; 19; 11: e15250. Cited by: 1
6. Kars ME, Başak AN, Onat OE, Bilguvar K, Choi J, Itan Y, Çağlar C, Palvadeau R, Casanova JL, Cooper DN, Stenson PD, Yavuz A, Buluş H, Günel M, Friedman JM, Özçelik T. “The genetic structure of the Turkish population reveals high levels of variation and admixture." Proc Natl Acad Sci U S A. 2021; 118(36):e2026076118. Cited by: 62
7. Akar OS, Gunes S, Abur U, Altundag E, Asci R, Onat OE, Ozcelik T, Ogur G. “Multiscale analysis of SRY-positive 46,XX testicular disorder of sex development: Presentation of nine cases." Andrologia. 2020; 11: e13739. PMID: 3288206. Cited by: 8
8. Onat OE, Kars ME, Gül Ş, Bilguvar K, Wu Y, Özhan A, Aydın C, Başak AN, Trusso MA, Goracci A, Fallerini C, Renieri A, Casanova JL, Itan Y, Atbaşoğlu CE, Saka MC, Kavaklı İH, Özçelik T. “Human CRY1 variants associate with attention deficit/hyperactivity disorder." J Clin Invest. 2020; 130: 3885-3900. Cited by: 41
9. Demirayak P, Onat OE, Gevrekci AÖ, Gülsüner S, Uysal H, Bilgen RS, Doerschner K, Özçelik TS, Boyacı H. “Abnormal subcortical activity in congenital mirror movement disorder with RAD51 mutation." Diagn Interv Radiol. 2018; 24: 392-401. Cited by: 13
10. Patke A, Murphy PJ, Onat OE, Krieger AC, Özçelik T, Campbell SS, Young MW. “Mutation of the Human Circadian Clock Gene CRY1 in Familial Delayed Sleep Phase Disorder." Cell. 2017; 169: 203-215. Cited by: 363
11. Özçelik T, Onat OE. “Genomic landscape of the Greater Middle East." Nat Genet. 2016; 48: 978-979. Cited by: 20
12. Kanaan SB, Onat OE, Balandraud N, Martin GV, Nelson JL, Azzouz DF, Auger I, Arnoux F, Martin M, Roudier J, Ozcelik T, Lambert NC. “Evaluation of X Chromosome Inactivation with Respect to HLA Genetic Susceptibility in Rheumatoid Arthritis and Systemic Sclerosis." PLoS One.  2016; 11: e0158550. Cited by:  35
13. Unal Gulsuner H, Gulsuner S, Mercan FN, Onat OE, Walsh T, Shahin H, Lee MK, Dogu O, Kansu T, Topaloglu H, Elibol B, Akbostanci C, King MC, Ozcelik T, Tekinay AB. “Reply to Tzoulis et al.: Genetic and clinical heterogeneity of essential tremor.“Proc Natl Acad Sci USA. 2015; 112: E2269. Cited by: 1
14. Unal Gulsuner H, Gulsuner S, Mercan FN, Onat OE, Walsh T, Shahin H, Lee MK, Dogu O, Kansu T, Topaloglu H, Elibol B, Akbostanci C, King MC, Ozcelik T, Tekinay AB. “Mitochondrial serine protease HTRA2 p.G399S in a kindred with essential tremor and Parkinson disease." Proc Natl Acad Sci USA. 2014; 111: 18285-18290. Cited by: 159
15. Dal GM, Ergüner B, Sağıroğlu MS, Yüksel B, Onat OE, Alkan C, Özçelik T. “Early postzygotic mutations contribute to de novo variation in a healthy monozygotic twin pair." J Med Genet. 2014; 51: 455-459. Cited by: 53
16. Okten G, Gunes S, Onat OE, Tukun A, Ozcelik T, Kocak I. “Disruption of HDX gene in premature ovarian failure." Syst Biol Reprod Med. 2013; 59: 218-222. Cited by: 6
17. Onat OE, Gulsuner S, Bilguvar K, Nazli Basak A, Topaloglu H, Tan M, Tan U, Gunel M, Ozcelik T. “Missense mutation in the ATPase, aminophospholipid transporter protein ATP8A2 is associated with cerebellar atrophy and quadrupedal locomotion." Eur J Hum Genet. 2013; 21: 281-285. Cited by: 128
18. Gunes S, Asci R, Okten G, Atac F, Onat OE, Ogur G, Aydin O, Ozcelik T, Bagci H. “Two males with SRY-positive 46,XX testicular disorder of sex development.“Syst Biol Reprod Med. 2013; 59: 42-47. Cited by: 35
19. Gulsuner S, Tekinay AB, Doerschner K, Boyaci H, Bilguvar K, Unal H, Ors A, Onat OE, Atalar E, Basak AN, Topaloglu H, Kansu T, Tan M, Tan U, Gunel M, Ozcelik T. “Homozygosity mapping and targeted genomic sequencing reveal the gene responsible for cerebellar hypoplasia and quadrupedal locomotion in a consanguineous kindred" Genome Res. 2011; 21: 1995-2003. Cited by: 83
20. Ozcelik T, Akarsu N, Uz E, Caglayan S, Gulsuner S, Onat OE, Tan M, Tan U. “Reply to Herz et al. and Humphrey et al.: Genetic heterogeneity of cerebellar hypoplasia with quadrupedal locomotion.“Proc Natl Acad Sci USA. 2008; 105: E32-33. Cited by: 10
21. Ozcelik T, Akarsu N, Uz E, Caglayan S, Gulsuner S, Onat OE, Tan M, Tan U. “Mutations in the very low-density lipoprotein receptor VLDLR cause cerebellar hypoplasia and quadrupedal locomotion in humans." Proc Natl Acad Sci USA. 2008; 105: 4232-4236. Cited by: 122
22. Onat OE, Tez M, Ozçelik T, Törüner GA. “MDM2 T309G polymorphism is associated with bladder cancer." Anticancer Res. 2006; 26: 3473-3475. Cited by: 71

Kitap Bölümleri

Onat OE, Üstünel F. "Genome Analysis." In: Encyclopedia of Bioinformatics and Computational Biology, 2nd Edition. Section Editor: Khan AM. Elsevier; 2025. pp. 3700. ISBN: 978-0-323-95503-4.

Onat OE, Ozcelik T. “Yeni Nesil Dizileme ve Klinikteki Uygulamaları", Chapter name: “Dünyada Ve Türkiyede Genom Projeleri". Güneş Kitabevi, Editor: Caglayan AO, 2024; Edition no:1, Pages 716, ISBN:9789752779778, Turkish Scientific Book, Publication No: 8923310