Mikrobiyoloji doktora programında; adayların mikrobiyoloji bilim dalında bakteriyoloji, viroloji, mikoloji, parazitoloji ve immünoloji konularında bilgi, beceri ve tutum kazanmaları sağlanır. Ayrıca, bilimsel araştırma yöntemlerinin kullanılması ve uygulanması konusunda da deneyim kazanmaları amaçlanmıştır.